前總統馬英九傳出將出訪大陸，除了祭祖外還會到大陸的大學和學生進行交流，馬辦也證實此事，而這也是自1949年，兩岸分治74年來首位踏上大陸的中華民國卸任總統，總統府也對此回應，表示出去回來都需要申報。

馬英九基金會執行長蕭旭岑指出，馬前總將於3月27日至4月7日赴大陸祭祖，同時帶領馬英九基金會「大九學堂」青年學子，訪問湖北武漢大學、湖南大學及上海復旦大學，與大陸學生進行交流，也將參訪辛亥革命、抗日戰爭等重要歷史遺跡。

總統府發言人林聿禪19日晚間表示，依照相關法規，馬前總統的出境管制期限已屆滿，但若要前往大陸，仍必須依照「兩岸人民關係條例」規定辦理，需要在赴中前及返台後申報。她也強調申報只指，需要提供行程安排的意思，並非需要核准個人行程。

馬英九卸任後，原本受到《國家機密保護法》第26條出境管制3年，但即將期滿前，民進黨修改該條文，授權原核定機關可以延長3年並以延長一次為限。因此延長馬、吳出境管制2年，如今延長出境管制已都屆滿。