立法院至今尚未將農曆年前三讀通過的總預算案送交行政院，對此，行政院發言人李慧芝批評，歷來行政、立法兩院的共識是以「大包小」方式處理總預算，但今年立法院改變做法，直接將個別提案刪減數相加，恐導致重複刪減，甚至刪減金額超過預算總額。

針對國民黨團指控行政院主計總處史無前例地拒絕提供通案刪減比率，進而杯葛總預算，李慧芝回應，既然立法院並未邀請主計總處核算，就談不上杯葛的問題。

立法院於1月21日三讀通過今年中央政府總預算案，刪減金額達2076億元，創下歷年新高，但至今尚未將審查報告送交行政院。國民黨團書記長王鴻薇表示，過去慣例是立法院完成審查後，由主計總處整理並提供具體刪減與動支金額，但此次行政院拒絕提供數據，形同杯葛。

李慧芝在行政院會後記者會上表示，總預算三讀過程中，有些項目重複表決，部分則是在表決後撤案，刪除及凍結原則亦未明確說明。當時立法院僅宣讀一頁的內容，並未詳細交代各項刪除項目及數額，導致刪減金額的計算方式仍存爭議。

她進一步說明，過去為避免重複刪除或刪減數超過總額，行政院與立法院一向採「大包小」方式計算，然而今年立法院改變做法，將個別提案刪減數直接加總，「這樣恐怕造成重複刪減，或刪減數超過預算數」，這部分雙方尚未達成共識。

歷年來，中央政府總預算在三讀通過後，立法院通常會邀請主計總處及各部會共同核算，但今年情況有所不同。李慧芝指出，立法院此次未邀請主計總處進行計算，「所以沒有杯葛的問題」，行政院方面也因此無法提供更具體的數字，一切仍須待立法院正式送交總預算書後，才能進一步釐清細節。

此外，針對行政院原訂撥補台電公司1000億元預算遭刪減，外界預期4月電價平均漲幅可能達6.6%。對此，李慧芝表示，電價審議委員會將依專業判斷決定，目前行政院未預設立場。至於「班班有冷氣」計畫的電費是否改由地方政府負擔，她則表示，各部會仍在盤整，待有具體資訊後將對外說明。